发展往往会对环境带来冲击，为了保护自然环境，《柔南经济特区2006-2025发展大蓝图》规划“敏感自然区域”，以确保自然生态不受发展计划威胁。
以依斯干达特区滨海发展计划作检视，部分填海工程与大型产业发展计划正落在大蓝图中被列为自然敏感区域的地点，有违大蓝图对于自然保护区的规划，而柔南在过去25年间共有6030公顷红树林，因人类发展用地增加而消失，上述情况已引起学者的关注。
马来西亚依斯干达特区总面积达22万1634公顷，其地域若从新山往西延伸，可达笨珍龟咯，往东达巴西古当。
根据大蓝图，依斯干达特区内4条主要河流“敏感自然水域”面积达14万1493公顷；陆地“敏感自然区域”面积则达11万4501公顷。
大蓝图将11万4501公顷的陆地“敏感自然区域”分为一至三级，第一级区域不得进行发展计划及农业用途、不能进行森林砍伐，第二级区域同样不能进行发展计划及农业用途，惟有限制伐木活动及生态旅游活动则获准进行。至于第三级区域，发展计划须获得深度环评报告批准及支持。
在蓝图中，被视为红树林保护区的龟咯岛（647公顷）、埔莱河口（9126公顷）及丹绒比艾（526公顷），均被列入一级敏感区域。其中，位于埔莱河口的孟然邦浅滩被列为重要自然保护区。根据学术研究，该区拥有9个品种的海草，同时也是濒临绝种海洋生物儒艮的栖息地。
大蓝图规划显示，如今滨海屋业发展区包括士姑来河流域的金海湾及柔佛长堤东部的士都兰海岸，均被列为第二级敏感区域。
优先考量经济效益
因此，若以目前依斯干达特区滨海发展检视，第二级敏感自然区域屋业发展工程如火如荼进行。大型填海工程——“森林城市”发展计划所座落的地点恰好就在大蓝图中被列为第一级自然敏感区域的孟然邦浅滩。
目前所行进的计划显示，依斯干达特区滨海发展计划违背大蓝图对于自然保护区的规划，上述情况引起国内学者的关注。
其中，马来西亚宏愿开放大学讲师余淑华博士与其研究团队，就在2013年通过问卷统计分析的方式，发表题为《影响依斯干达特区滨海发展计划的因素》报告。这项通过访问参与特区主要发展计划的企业所进行的统计显示，滨海特区计划的推展，经济考量大于社会因素。
此外，余淑华在2015年所进行的另一项问卷调查报告《依斯干达特滨海计划的冲击》，发出323份问卷调查予拥有大马建筑工业局G7级别（无竞标额上限）的建筑商（意即本地或海外大型投资者）。调查统计指出，接受调查的建筑商认为滨海工程应以经济效益为优先考量，填土工程已造成特区滨海自然环境遭破坏。
柔南6030公顷红树林消失
柔南在过去25年间共有6030公顷的红树林，因人类发展用地增加而消失，这等同每年消失的红树林面积平均达1225公顷。
上述由瑞士多学科数码出版机构（MDPI）所发表，由工艺大学、苏格兰邓迪大学及马来亚大学研究员所联合进行，题为《马来西亚半岛南部高速成长经济特区红树林覆盖卫星图相观察》研究报告，通过分析1989年至2014年长达25年的卫星图相，检视依斯干达特区的红树林生长情况。
这项获得大马教育部资助的研究报告指出，虽然间中略有增长，但柔南在过去25年间共有6030公顷的红树林消失。
屋业计划冲击
报告指出，柔州是继雪兰莪和彭亨州后，第三个面临红树林大肆遭破坏的州属。依斯干达特区因发展屋业、码头、发电厂、油槽及海岸线城市化计划下，大幅开发红树林。
报告将观察点分为3个部分，即第一区为笨珍丹绒比艾、埔莱河沿岸；第二区为努沙再也（现称丹绒布蒂里）至新山市；第三区则为巴西古当及柔佛河沿岸。
报告透露，第二区海岸线红树林消失的幅员最大，达2748公顷；接著为第三区海岸线（2569公顷）；最后才到第一区（1748公顷）。
报告指出，埔莱河沿岸红树林至今未划定为森林保留区，如今已有屋业发展计划在动工，使到当地红树林生态遭受严重冲击。
报告也点出另一项问题，即第二区红树林的消失完全是因为城市发展，第一区和第三区的红树林消失原因，部分是由于城市化，另一个原因是与水产养殖业有关。
尽管如此，研究报告肯定州政府在维护湿地有尽上一部分的责任，即在第一区内进行达446公顷的红树重植工作，但这项工作在第二区及第三区却相对缺少。
报告总结时指出，为了确保幸存的红树林不被进一步破坏，相关单位必须出台严格管理方案，以及有效地监督系统观察红树林系统，使依斯干达特区自然生态不会进一步失衡。
