政教分离原则于当今社会的一大合理性，乃今天的国家已非古时候面对各种技术瓶颈的国家，而是挟著新科技（包括管理模式）之方便来组织、监控、统制社会的权力单位。是以，政教不分的话，若加上民主化遇阻，宗教元素很快即会被利用为意识形态工具，乃至武器来牢牢宰制人民、打压异议，甚至侵害人权。易言之，政教不分的社会完全有可能渐渐堕入极权主义模式。
实际上，早在上世纪初，人们就已见证现代工业化国家走上极权主义的恐怖，如说斯大林铁腕统治的苏联、希特勒呼风唤雨的纳粹德国和军国主义分子揽权的日本。在各种朦胧的“假想敌”之“威胁”和虚夸的“乌托邦”之“承诺”下，无数俄国、德国和日本人，纷纷把权力集中在少数看起来几乎是“救星”的当权者手中，纵容其操纵、摆布、驱使国家，结果是集体沉沦。值得注意的是：这些工业社会的人民绝非没受过教育的无知之徒。
某些人总无法把极权主义和宗教联想到一块，以为大谈“博爱”、“宽容”、“和谐”、“布施”等价值的宗教怎可能容许鄙视、践踏、凌虐老百姓的极权手段。其实，共产主义，乃至纳粹主义，何不也高谈“正义”、“平等”、“正直”、“分享”等“优良价值”？若非这些优良价值所标榜的正当性，当年的苏共和纳粹，恐怕也不会广获信任和支持。同样的，宗教就算内在地继承了诸多优良价值，也无法确保其不会变质成极权怪兽。
事实上，历史上的宗教，原本就并非一贯“面慈目善”，涉及宗教信仰、理念、价值、观念、习俗等因素的各种暴力，向来就不少。宗教“部落”意识和情结，经常是激起社会矛盾和冲突的种子。乃至，古代也不是没有过宗教极权主义政体，如说加尔文统领下的日内瓦，以及美国早期清教徒移民共治下的东北几个殖民地。当然，西方社会经人文主义洗礼后，政教分离观念已根深蒂固，倒退回宗教意识形态极权是不太可能的了。
无论如何，今天的部分非西方社会持续视宗教为“原本”，乃至“终极”之权威，就仍有可能催生宗教意识形态极权。要预防如此极权，也许不能简单照搬西方架构，毕竟文化肌理有差。人们或可寄望的还是知识、思想和经验上的交流会逐步开启文化上的蜕变，尤其对人权和民主化的更加敏感及热衷，那就可避免轻易被貌似正当的宗教极权主义所诱拐了。
