质言之，宗教自由的概念虽诞生得不算晚，即早在16世纪欧洲宗教改革时期就出现，惟有关自由尚非个人的宗教自由，而是指群体者。当时因各基督教新教派在反罗马天主教廷一权独大的立场上，极力声张宗教自由和自主，加上获得一些对教廷的颐指气使早已积累了很多不满的世俗当权者的支持，所以蔚然成势，教廷也无可奈何。
然讽刺的是：在新教内部也有出现一些小派系，但由于缺乏有力的世俗当权者的认可和支持，经常被视为异端，结果惨遭歧视、排挤、打压、驱逐，甚至有“团灭”之虞。惟幸好碰上欧洲积极开拓海外殖民地的时代，不论是纯出于先进的启蒙运动意识形态或务实的政经考量，这些殖民地，尤其北美，颇崇尚宗教自由，所以很欢迎这些小教派信众前来拓荒，开展自由的新生。
然又很讽刺的是：在北美落脚的新教教派，包括一般熟知清教徒社群等，实际上履行的是宗教集体主义，不欢迎个体的宗教自由。所以其人早期建立的诚属政教合一的地方自治政体，对信徒乃至非教会成员的管束不仅相当严格，同时也如在欧洲的情况，发生过骇人听闻的猎巫事件。乃至，有记录显示17世纪位于美国麻萨诸塞州塞勒姆（Salem），有一位论派（Unitarian）教会竟因部份贵格（Quaker）会教徒不肯捐助新教堂的建设，而对其人施加鞭刑后还卖为奴隶。
说实话，集体主义并非一无是处，乃至在特定时代或情况下更是必需的，否则对大家都没好处——如氏族部落社会就是典型的得靠集体主义方能保障每一个人的生存机会的例子。但是，尤其从现代的语境和标准来论，集体主义若拿捏得不好，往往就是对个体性的践踏，甚至戕害了。而宗教集体主义，如果没能与时并进的话，往往就是对个体宗教自由的限制和侵犯了。
当然，有些人——尤其宗教保守份子，总爱质疑宗教之下有没有必要讲个体自由，乃至个体性，甚至还喜欢搬出大量经典来论证个体性的无价值、无意义、无正当性。惟这些人往往是从主流宗教的位置和角度来夸夸其谈的，根本没考虑到若有朝一日自己沦为宗教少数群体的一份子时，是否还会在面对各种限制和压力下，能不肯定及渴望个体的宗教自由。
话说回来，大约从19世纪初期开始，西方社会就逐渐认知并提倡个体性，包括肯定个体的宗教自由了。随著西方引领的现代化普及全球，个体宗教自由开始被公认为基本人权之一，诚如许多国家的宪法都会清楚说明的。只不过现代化总非一帆风顺，一些非西方社会的宗教保守主义份子对其抱有疑虑和戒心，以致处处专撬墙角、拖后腿，不承认个体的宗教自由，硬把宗教诠释为集体不可推卸的责任。
总之，个体的宗教自由在不少社会其实还是个犹未完成的理想及议程，因文化惯性或社经条件不足，所面对的阻力和考验可谓不小。纵使现代化的整体趋势会不断增强个体在许多方面的自立、自主性，但由于宗教往往有其政治功能，一旦被政治化，构成某种程度的政教合一或合作，个体要突围或扭转之，恐怕就难上加难了。
