宗教与公权力的关系应该可说是多元的，不一定是良性，也可能是恶性。再说是良是恶，还得看是从谁的角度、什么立场出发。比如某些社会的公权力其实对宗教并非“友善”，而是防备、监督、管制甚严，不容许任何宗教组织或个人稍微对公民施加一丁点的“逼迫”，例如强制学习教义、遵守教规、服从教权、贡献教会等。
不过，如此公权力虽常被宗教方视为“不友善”，甚至“敌对”，但对于自由主义和世俗主义者来说，却是应当的，乃至是对公民非常“友善”的，因其保障了公民免于受到宗教势力的威逼和乾扰。乃至，或许对某些宗教人士来说，宗教的确原本就不该涉及强迫，所以透过公权力制止宗教组织和个人对他人施加硬性干预，方符合宗教之本质与本怀。
当然，从不少宗教保守、极端、专制主义者的角度和立场来论，公权力不仅不该限制宗教组织和个人，反而应由其人来参与把控才对，如此方能确保宗教的信念、理念、目的、价值等能够透过公共机关来充分实现，引领公民朝向更“正确”及“美好”的未来。惟吊诡的是：这些宗教保守、极端、专制主义者对于其他宗教却往往极不友善，常会歧视之，有些甚至直接打压之。
显然，一个社会如何定义、定位、定向、建构宗教与公权力的关系，有视于人们对宗教和公民的理解。有些社会直接认定和规定公民必须信教，而且要认真的信，那么很可能就会让宗教介入，甚至操控公权力的设计及运作，包括惩处不信教或信教不够认真的公民。换言之，如此社会或会容许、保障公民各种权利，唯独宗教信仰并非权利，而是不可推卸乃至轻忽的责任。
另一些社会则视宗教为公民的基本权利和生活选项之一，并非其务必信仰和遵从的对象。因而，公权力必须与宗教利益作清楚切割，其首要保护的是公民在与宗教相关的事务上的选择自由，而非任何宗教的地位、权威、实力等，包括经济、人力资源、颜面、影响力、普及性之类。一般上，如此社会的公权力也会关照宗教组织或个人的需求，但绝不会以牺牲公民的权利为代价。
毋庸置疑，在前一种社会，从正面的角度来看，公权力乃宗教的“帮手”，但从负面的角度来看，则成了“打手”。至于后一种社会，感觉上公权力已与宗教“分手”，保持距离，严守中立态度，甚至还在必要时扯宗教的后腿，或至少泼其冷水——不容其逾越红线，侵扰民权。惟这不表示公权力不会关注宗教界的权益，包括替其寻求正义。
宗教专制
实质上，前一种社会是有宗教专制倾向的，但只要大多数人觉得可行，乃至甘之如饴，大体上就不会有争议和改变，即使有少数人颇为深受其害，恐怕也无可奈何。至于后一种社会，有时候公权力如何釐定及平等对待教界利益和公民权益，也会有争议性，如说教界可以干预民众使用原本无需官方认证或授权的宗教象征吗？
总之，宗教专制社会似乎较乾脆俐落，凡与宗教相关事务皆有绝对权威敲定，无须纷扰，不依不行。政教分离社会则较多得经公民社会的积极探索、商讨，乃至磨合，以求不违背普世伦理，尤其侵害基本人权。显然两者有本质上的区别，诚不能因一二简单个案就生掰硬扯、等量齐观也。
