宗教自由可说是目前普世伦理中最核心的一环，即基本上每个成熟的个体都应当享有选择宗教和实践宗教的自由，不能被他人，包括其他家庭成员所干预，更别说被 教会、学校、社群、国家等所操纵或侵扰。
然而，现实情况往往非常复杂，在某些时候、某些地方或某些脉络之下，对个人宗教选择的各种干预似乎又有一定可理解之处。如说在古代，有些社群反对外在势力借用宗教传播来瓦解本身群体的文化传统和我群凝聚力，显然不无道理。事实上，直到西方殖民主义四处扩张的近现代，宗教确实是殖民者分化在地人民的集体认同，消解其抵抗能力的有效武器之一。
无论如何，可理解非表示如此干预本质上是正确的，尤其若诉诸暴力的话。如说中世纪时代的欧洲，基本上无所谓宗教自由，当一些信徒根据本身对经典的理解而试图脱离主流教会，自立教派，结局往往是被强调“统一”的教廷和国家残酷打压。惟有揭竿而起，以暴力方式回应主流教会和国家的箝制，方能争取到一线生机（当然失败的恐怕更多）。然今天人们检视那段历史，还是觉得不管是哪方所采取的暴力方式，都是挺令人遗憾的。
同样的，16世纪的日本原本对基督教非常开放，但到了17世纪的江户时代，因直接或间接涉及内部政治动乱，幕府掌权者开始对基督教势力猛力打压。这虽不无其现实考量的合理性，如避免日本四分五裂，但如今回顾，还是挺令人觉得遗憾的。毕竟，虽说各社群及国家都有因“形势所逼”而不得不限制其成员的宗教自由的时候，但理想上而言，谁不想自己和他人都能够只听命于自我的良知而自由探索、信仰、实践宗教呢？
易言之，宗教选择其实涉及个体和集体的利益，而人类社会偏偏并非个体随时随地都可自顾自地和集体进行切割的。是以，尤其在古代，宗教传播往往并非仅针对个体，而更是对整个群体的传播，因古代许多社会其实并无个体自由的环境，乃至连个体的概念都普遍不存在。
古代宗教不管是透过和平或武力方式，只要征服了社会菁英，尤其政治菁英，通常就能征服广大民众。
动摇统治合法性
也正因如此，在那些外来势力无法透过自家宗教征服一社会之本土政治精英的情况下，积极渗透中层或底层民众以逐步改变其人的传统信仰、价值观乃至整体文化（当然这并不排除部份传教者其实并无政治议程，纯粹只想传教），以至最终动摇不合作的政治精英的统治合法性，就是某些外来势力惯用的手法。
而识破外来势力手法的某些本土政治菁英，或就会诉诸集体主义、本土主义等论述和立场，或硬或软，试图阻止民众信仰有关外来宗教。在如此论述下，那些皈依外来宗教者，就会被视为反传统、数典忘祖、崇洋媚外、不合群，乃至“叛变”，这自然也造成一些冤情和悲剧。
还好发展到今天，由于世俗化的作用，加上文化多元主义流行，宗教大致上已不再（虽非绝对没有）成为外来势力干涉一时一地之既定政治秩序和社会结构的工具或手段。只不过在某些国家，由于社群结构的多元，还是会发生主流社群为了牢控政权，不惜借用宗教论述捆绑民众，硬施法规不许其皈依别教，甚至还有采用宗教渗透手段来分化或同化他族，以弱化其我群认同和抗争实力的现象。
总之，宗教自由是人类崇高的理想，但要实现之并非那么容易，必须克服种种人世间出于贪瞋痴本性所造成的迷局和乱局。有时候连“宗教自由”本身都会沦为霸权用来颠覆弱势群体的我群体意识和反抗能力的诡辩工具。惟不管怎样，理想始终是不可放弃的，毕竟相较于古代，宗教自由能够晋升普世伦理，已是非常大的跨越了。
