1963年7月9日，英国、马来亚联合邦、北婆罗州（今沙巴）、砂拉越与新加坡在伦敦签了一份马来西亚协议（MA63）。这份协议共有11条款，其中包括：正式肯定了马来西亚联邦的成立；这协议将在1963年8月31日生效；惟因故展延到9月16日；本协议用马来文与英文书写，惟发生争议时应以英文本为准等。
只是，这协议中并没说明东马两州与西马11州的地位关系，即并没说明这个联邦是由马来亚联邦合（共9个州）、沙巴邦、砂拉越邦与新加坡邦，4个邦组成。
实则，大马联邦宪法第一条表明，这个联邦诸州包括柔佛、吉打、吉兰丹、马六甲、森美兰、彭亨、槟州、霹雳、玻璃市、沙巴、砂拉越、雪兰莪与登嘉楼。从联邦宪法来判断，显然是把沙砂两州等同于西马11州等同视之。
尽管如此，联邦宪法中对沙砂两州有附加条款，实这两州享有比西马11州更多权利与权力，如在移民、语文方面享有更多自主权，在财政上，沙砂两州也拥有更多收入来源，如服务与销售税，这使得沙砂的年度预算收入远高于西马各州，特别是砂拉越的年度预算收入可高达百亿令吉，远高于有500多万人口的雪州。
显见，大马式联邦体制中，各州的权力与权利并不一样，有东高西低的特点。当然由于大马是个高度中央集权的国家，可称之为行政国，中央的权力与权利是远高于各组成的州。通常情况是，以财政为例，中央与地方的收入是大体上各占一半，而大马则是中央占约80％之高。
之所以，也不难理解，因为大马约170万公务员中有约90％属于中央，如教育、公共卫生、军警人员均属于中央所管。这就使得地方各级政府在多方面高度依赖中央，也受制于中央，特别是西马的11州。
为何要组成大马来西亚（Greater Malaysia）联邦？原因当然是多重的，惟最重要的因素是为了阻断共产主义的扩散，这既有国际上的冷战格局因素也有特殊国情的因素。
虽说马来西亚联合邦在1960年便宣告结束紧急状态，可在新加坡与砂拉越，左翼思想与运动依然颇盛，特别是新加坡。1959年，新加坡的人民行动党赢得了51席中的43席，可说是大胜；只是，人民行动党内部却有严重的分歧，最终左派人员出走与一些左派组织与政党组成社会主义阵线（简称社阵，大马也另有劳工党与人民党组成的社阵），势力非同小可。
李光耀派系自认未必能在来届大选中胜出，便想借用联邦的力量来干掉左翼力量。1963年2月2日也确用内安法来把左异领袖、干部一网打尽（称为冷藏行动，Operation Coldstore）。出于这一考虑，李光耀便积极游说东姑组建大马联邦。
本来李光耀派系就有意要与马来亚合并；只是由于东姑考虑到新加坡人口中有75％是华族，若合并那么华族人口便会超越马来族，这就使得东姑不愿与新加坡合并；后来，李光耀与英殖民政府又考虑到把东马两州与汶莱引进来；一来可围堵共产主义，二为可冲淡华族的人口优势变成土著人口略高于华族近5％。这就使得东姑心动。
毕竟，东姑也不想看到马来亚的南端出现一个东方的古巴。在李光耀的催促下，东姑终于在1961年5月27日在新加坡的一个记者会上发表了马来西亚计划。这个谈话一发表，李光耀便马上附和，汶莱苏丹开始时也赞同加入，只是后来在1962年因汶莱人民党发动起义，被英殖民政府镇压后，便改变主义。
汶莱的人民党要求的是由汶莱、北婆罗州、砂拉越与印尼部份的婆罗州共组成一个婆罗州联邦；在沙巴，开始时卡达山人的领袖不赞成，后不反对；砂拉越的情况主要由华族组成的左翼政党人联党（1959年成立）激烈的反对，主张砂拉越应自己独立；惟砂拉越华人公会（SCA）则支持（多为商人）；砂拉越的伊班族领导层开始时也不赞同，后不反对；而砂州的马来族则表示支持。
本来东马的土著领袖是颇担心他们的领土、文化、语文信仰等会受到威胁，可后来英人促成一个马来西亚团结谘询委员会，邀请各方代表参与讨论细节，也在这个基础上设立政府间委员会（IGC）或简称联络委员会，从中提出了诸如东马两州适用的20点。在相当程度上，缓和了东马人的担心。据此，最终各方便决定了马来西亚协议。
在这过程中，也有不少反对声音，特别是来自左派的抗议与反对。马来亚、沙巴、砂拉越、汶莱与新加坡的反对阵营还在吉隆坡召开了五邦会议。
大体上言，左翼工人认为，马来西亚计划是种新殖民主义，也是当权派用来干掉左派的阴谋。因此，左派极力反对这计划。
为此，新加坡曾在1962年搞了一个假公投以合法化这计划。说假公投是因为，这个公投不是赞成或反对马来西亚计划，而是必须加入马来西亚，人民只能选用什么方式加入，而不是要不要加入；在马来西亚，民众甚至是各州政府也没有发言权，一切由联盟（由巫统、马华与国大党组成）的领导层说了算，以至于吉兰丹要告东姑，指这是个不合法的计划；只是以败诉告终。
按理说，马来亚联合邦要扩大，应取得各成员州的同意才可；只是，联盟领袖不管这个，自作主张“为民做主”。可以说，在西马与新加坡这是个缺乏民主性的计划，有民主赤字的缺点。这也是民主的一个同意对效益的自相矛盾，如欧盟也是如此。
至于沙砂两州，英殖民政府与联合国曾派调查团去做实地调查，结果是说，多数人赞同加入联邦；只是有人认为，这些调查工作或其成员并不是中立的。因为，英殖民政府在展开民意调查前，已有了预设立场。学者詹运豪便持有这种看法。
不管如何，从结果论来看，马来西亚的形成的确成功阻断了左翼与共产主义在本区域的扩散。新加坡的左翼领袖林清祥便因此被“冻结”（关进监狱）起来了，成了李光耀眼中的流星。砂拉越的激进左翼虽也展开武装斗争，可最后依然无成，最终回归主流社会。
从输赢的角度看，东马人多会认为西马是这个计划的赢家；因为，西马中心的联邦政府拿走了许多东马的资源收入，如石油；而东马的发展则远远落后于西马。当然，联邦政府也会说，砂沙也得到中央的不少援助。
