菲律宾当局刚在穆斯林占多数的南部地区举行全民投票，以便让600万名穆斯林实行自治。结果有85%选民投赞成票，以便在未来实行自治。
然而，就在全民投票成绩公布的第二天，菲南的一座天主教堂受到伊斯兰极端分子展开自杀式炸弹攻击，造成二十多人死亡，另外数十人受伤。这显示并不是全部穆斯林都接受自治方案，而是有一部分极端分子要求菲南穆斯林地区完全摆脱菲律宾，实现独立，不惜用暴力破坏自治协议。而源自伊拉克的“伊斯兰国”（IS）恐怖组织自认是其在菲律宾的分支发动炸弹攻击，显示在外来势力介入情况下，菲南动乱更难以平息。
菲律宾南部动乱不休，可以追溯到西班牙16世纪占领菲律宾北部地区，并企图征服南部穆斯林地区不成功而延续至今。
在16世纪时，菲律宾南部的伊斯兰苏禄王朝势力强大，除控制菲律宾南部大岛棉兰老岛之外，还想把势力伸向北方，把整个菲律宾变成伊斯兰国家，但因受到西班牙占领北部地区而中断，而且从那时形成南北对立。
在哥伦布于1492年“发现”美洲之后，位于欧洲西南边陲伊比里亚半岛上的天主教国家西班牙和葡萄牙，成为对外占领殖民地的急先锋。他们追求三G：Gold（黄金）、荣光（Glory）和传教（God）。他们征服了北美洲的墨西哥、中美洲以及南美洲，把它们变成天主教国家。由于西、葡两国属于拉丁族，因此被它们占领的美洲地区被称为拉丁美洲。
信奉天主教由来
1519年，麦哲伦奉西班牙国王之命率领船队进行环绕地球一周之行。船队横越南大西洋，绕过南美洲，进入太平洋，于1521年抵达菲律宾中部的沙玛岛。不过，麦哲伦本人在侵略宿雾岛时被土人杀死，其残余船队经由印度洋返回西班牙，从而证明地球是圆的。
此后西班牙多次派出远征军企图征服菲律宾，但初期未能得逞。直到1572年，西班牙远征军全面占领北部最大岛吕宋岛，并以马尼拉为首府，对菲律宾实行殖民地统治。
西班牙当局以王储菲利浦的名字作为这个有7千多个岛屿的群岛的名字。菲律宾是西班牙在亚洲的唯一殖民地。西班牙人在征服殖民地之后，热衷于用说服或强制的手段使当地人民变成天主教徒，在菲律宾也不例外。菲律宾的主要民族都属于广义的马来族群，目前在1亿500万人口中，有80%以上是天主教徒，使用西班牙式的天主教徒姓名。菲律宾也是亚洲的唯一天主教国家。
不接受自治方案
在菲律宾南部则是另一番景象。早在西班牙人来到菲律宾之前，南部已是穆斯林势力强大的地区。菲南穆斯林曾多次击退西班牙人的进攻，虽然西班牙最终用武力占领了菲南地区，但无法改变其人民的伊斯兰信仰。从1898年起，菲律宾转为美国的殖民地，1946年摆脱美国统治独立。
但从西班牙人殖民地统治时代开始，菲南的穆斯林地区就要求摆脱马尼拉当局的统治，独立或至少实现高度自治。在美国统治时期乃至菲律宾独立之后至今也都是如此。而且不惜以武力抗争或展开恐怖主义攻击，以致菲南动乱不已。自1970年代以来，菲南的动乱与政府军的镇压造成至少15万人死亡。
由米苏亚里教授领导的温和派分离主义组织“摩洛民族解放机构”争取到在菲南地区实行自治，但激进伊斯兰极端分子不接受妥协方案，不惜以恐怖主义攻击加以破坏，以致自治方案未能全面落实。这回的全民投票，是要落实自治方案的另一次尝试，但从第二天就发生伤亡惨重的爆炸案，以及过后清真寺被炸造成伤亡的情况看来，新自治方案成功落实的机会也不大。
不仅如此，由于菲南地区岛屿众多，水域广阔，各个小股伊斯兰极端分子以争取独立或自治为名，行绑架与勒索之实。其中恶名昭彰的阿布沙耶夫集团多次到沙巴绑架马来西亚人或游客为人质勒索赎金，甚至在嫌赎金太少的情况下砍下人质的人头，其残忍行径令人发指，但马、菲当局却难以抓捕到他们并绳之以法。
在苏联侵占阿富汗期间，菲南的极端分子曾到阿富汗境内参与反抗苏联侵略军。他们在回国之后，应用他们的作战经验，与菲律宾政府军抗衡。源自伊拉克的IS也在菲南插上一手，使情况更加复杂。
菲南地区普遍贫穷，年轻人没有出路，更易受到诱惑而加入极端组织和展开暴力攻击。有这些客观因素存在，要使菲南动乱平息委实不容易。
