在1963年沙巴加入马来西亚前，已有政党出现。其中两个大政党是1961年8月成立的“卡达山民族统一机构”（UNKO）（由唐纳史蒂芬领导，他后来皈依伊斯兰教，改名为莫哈末福尔）及同年12月成立的“沙巴民族统一机构”（USNO）（由慕斯达化领导）。其余小政党包括华人组成的“北婆国民党”，后改称“沙华公会”等。
由于1963年马来西亚成立时，沙巴也与砂拉越一样通过“三层选举”（即地方议会以控制权为胜利者，得以选出省代表（共分成五个省），再由省代表选出州代表组成州议会。即使在单一政党中慕斯达化的USNO分得最多州议席，共8席，UNKO只分得4席，但在沙华公会获得4席及巴索摩摩根党也获得1席下，倾向支持UNKO，因为它是代表了沙巴最大的卡达山族（28%），而慕斯达化是姆律人（人口只4%，但后来他结合穆斯林而势力大增。马来人原本有11%，华人则占24%），只得屈从于现实。就这样唐纳史蒂芬成了沙巴第一任首席部长，慕斯达化则被安排为沙巴州元首。
在慕斯达化看来，州元首没有掌握实权，所以他也千方百计要打倒唐纳史蒂芬（在当时即马来西亚成立后（1963年9月16日），沙巴的州立法议会的成员由18席增至32席，另4人是委任的，共36席。经协商后，UKNO（一般通称为沙统）获得14席，UNKO（俗称民统或卡达山党）获11席，沙华7席，剩下4席委任由各党推荐，于是摩摩根党也有了1席）。
1964年时，机会来了，身为州元首的慕斯达化故意不批准唐纳史蒂芬推荐的州秘书人选，双方关系恶化，闹上中央。在东姑的调停下，有出乎意料的安排。他让沙华公会的罗思仁出任首席部长，而将唐纳史蒂芬调任中央部长（掌管沙巴事务，有名无实），慕斯达化则留任州元首，但在1965年辞职，以待时机成熟时接任首席部长。
当罗思仁在1964年杪出任首席部长时，马来西亚历史上有两个州的首长是华人担任的（另一个是槟州的首席部长王保尼）。然而这并非华人在政治上抬头，而是因为是折衷人物成了两派的眼中钉，终于在1967年的州选中，罗思仁落选了，这意味著华人在沙巴的政治势力是有限的。
与此同时，慕斯达化也“时来运转”，被中央倚重，主要是被“排斥”的唐纳史蒂芬对新加坡（1965年8月9日）退出马来西亚未事先被通知（其时仍任沙巴首席部长）而不满，要求检讨沙巴加入大马的20项条件。这一下子，刺激东姑的神经线，开始另行布署政局。
巫统进军沙巴
果然在1967年的州大选后，慕斯达化的沙统因取得14个州议席成为最大的政党（卡达山党12席），也就被中央支持而出任首席部长，遂了他的心愿。就这样，慕斯达化开始了他处心积虑的铁腕统治。最令中央政府坐立不安的是：尽管东马没有受到西马1969年“513”种族冲突事件的影响，但慕斯达化越来越走向独裁的统治，例如在1972年的州选，慕斯达化使出杀手镧，造成提名时沙统（与沙华联手）竟不劳而获32席（总数才36席）；更在1974年的国选，沙统及其伙伴又囊括所有国席。
在这种情形下，身为首相的敦拉萨已不能再能容忍慕斯达化在沙巴建立小王国，因此决心“明升暗降”把慕斯达化调任中央国防部长，以阻止他在沙巴继续“颐指气使”。讵料慕斯达化比敦拉萨更“霸气”，不调就是不调，弄得中央有些狼狈，因为没有人敢于违抗首相的指令，慕斯达化是第一人。
但是自以为是的慕斯达化在1975年开始尝到背叛之苦。原来在中央支持下，以哈里斯为首的反叛派一个个退出沙统，另立人民党。中央借机迫使慕斯达化下台，让位于赛格鲁。不肯束手就擒的慕斯达化也希望通过1976年的州大选来夺回政权。但天不从人愿，人民党终于在中央的祝福下夺得27席，沙统只剩20席。
从此慕斯达化再怎么努力，也是徒劳无功，因为沙巴已不为慕斯达化预留政治空间。
哈里斯的胜利也意味著唐纳史蒂芬（已改为莫哈莫福尔）卷土重来出任首席部长（他显然是福尔的代表专挖沙统的墙角）。不幸的是，不到3个月的时间，福尔飞机失事丧命，提早结束了他的政治生涯。沙巴启开哈里斯当政的年代。他在后来又成了另一个被抨为独断的首席部长，也就在9年后被团结党轰下台了。
团结党的领导人百林（卡达山族）当政初期关系尚与中央融洽，但在1990年后起变化，百林率其团结党倒戈相向支持东姑拉沙里领导的反对党阵线。马哈迪形容在背后插一刀也就有了“秋后算账”的故事。这个故事与被认为涉及外来移民有关，例如在近日的皇家调查委会的听证会上有前登记局官员作证时承认有一个G17的特别小组是在1990年成立的，而且也提及前首相马哈迪的两名左右手的名字。
在这个计划下，有大约10万名外来移民申请蓝色身份证，甚至有证人说，他们在一个月内就能发出4万张身份证。
在这方面，马哈迪在回应时也认为他们是合格的外来移民，至于有多少外来移民受惠，则不得而知。
移民多过本地人
如果国民登记局官员的供证是有其可信的程度，则沙巴外来移民的人口已超越本地人口。
根据统计，1991年时，沙巴人口已突增至180万人，较1980年的110万人增加了78%。就这样在1994年的州选，百林的团结党只占小优势，却在议员跳槽下，失去了州政权（直到2000年他才再吃回头草后在国阵内已是二奶命）。
根据沙登国会议员张念群在2010年报告指出，她从国会的资料显示，在2008年，沙巴人口有325万人，本地人占了150万人，而菲人占了170万人。这种外来的人口压倒本土人口的问题也由来已久，难怪已成为沙巴爆炸性的课题。
首相纳吉在去年宣布成立皇家调委会显然是因为问题过于严重，若不釜底抽薪，恐怕会让政局火上加油。不过在皇委会未有结论前，我们也不知政府如何有效解决。巧合的是，当百林政权倒台的1994年，巫统在慕斯达化穿针引线下，成功东渡沙巴。先是出现国阵成员党轮任首席部长。2004年后，就定型由巫统要人出任直到今天，回头一望，20年来，沙巴的政局可谓澈底的改头换面。
说来说去，也脱离不了外来移民课题。什么时候，外来移民课题才能有效的处理，没有人能给答案；而当局所承认的仍有40万非法移民又如何处置呢？也是个十分头痛的政治课题。
