1963年9月16日，不顾印尼与菲律宾的强烈反对，在汶莱缺席的情况下，东姑宣布马来西亚正式成立。砂拉越与北婆罗洲(改名为沙巴)，脱离殖民统治，成为马来西亚联合邦的成员。
当天，印尼爆发大规模示威抗议，印尼民众在雅加达破坏英国、马来亚及新加坡使馆，伤害使馆人员。马来西亚随后与印尼，菲律宾断绝关系。
印尼除了加强边境，尤其对砂拉越的军事部署之外，苏卡诺在9月21日颁布经济制裁马来西亚，断绝两国的贸易往来，货运运输。
马来西亚与印尼对抗期间，在大国的斡旋下，这场东南亚的冷战只是升温，军事上的冲突并没有演变为全面开战。
驱逐商人出境
如果从影响的层面来比较，经济制裁比较于军事冲突，对当时的民众影响更大。廖内省隔著马六甲海峡与马来西亚、新加坡遥遥相望，当时的省长卡哈鲁汀·纳苏迪温上校就指出，对抗马来西亚，是一场经济战，廖内省基本上把外国资本的代理人都逮捕或驱逐出境。
1963年9月20日，苏卡诺下令印尼境内全面接管英资企业后，印尼政府接管的外国企业包括马来西亚籍，新加坡籍的商家在印尼的企业。甚至定居在马来西亚的印尼籍商人在印尼的生意，也因为经济对抗政策，一并接管。
1964年10月6日在廖内省，当地政府接管了属于马来西亚公民和定居于“马来西亚”地区的印尼公民的十三座橡胶加工厂和三十座木材工厂。
影响印尼农产品
新加坡、槟城一直是印尼出入口的转口站，经济封锁后的影响，不单使得马来西亚蒙受损失，也影响了印尼农产品的出口。当时的财政部长陈修信向《远东经济周报》记者发表谈话，承认马来西亚经济深受印尼对抗政策的打击，并指出马来西亚政府将增加各种税务，以增加国家的收入，包括向英国寻求援助。
印尼靠近砂拉越的西加里曼丹所产椰干与树胶，由于海岸线封锁船只缺乏，使树胶与椰干贸易处于停滞状态。同时在边区人民之所需品，在对抗“马来西亚”以前，本由马来西亚地区供应，对抗“马来西亚”以后，经济往来断绝；当地的民众粮食供应不足，在一份报告书中还列出“应尽速供应两千吨米粮，以供该地人民需要。”
梳理“马印对抗”的历史，才能明白“马来西亚”是怎样走过来的，也有助于理解这个国家和印尼的互动，以及人民之间的情感。尤其是马来人与印尼人的复杂关系。
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