为什么马来亚变成马来西亚？根据澳洲学者麦克李（Michael Leigh）所著的《砂拉越和汶莱在马来西亚形成时所扮演的角色》一书中，有查到在2011年解禁的英国密件中的马来西亚成立的因由。这个概念是于1955年由英国殖民地大臣李诺波（Lennox Boyd）与英驻东南亚最高专员麦唐纳（Malcom Donald）私下密谈的目标，达成的共识是将英国在东南亚的殖民地转成非殖民地是可行的步骤，意味著这些殖民地迟早将获得独立。
对此，麦唐纳补充说：“对新加坡及马来亚联合邦来说，我必须兢兢业业地将有关心愿转入这些国家人民的脑子里，也包括本地的新闻从业员。我们的目的是要将五个地区（即马来亚联合邦、新加坡、砂拉越、北婆（沙巴）及汶莱）合成一个大联邦”，不过汶莱后因条件不合，未加入马来西亚。
当时的国际形势正在向左倾斜，在1961年时，共产势力在东南亚有所高涨，也与中国有所交往。此时马来亚的紧急状态已结束（1948-1960），朝鲜半岛的战争已休战（1953年），但越南的共产势力更加强大；同样的，印尼、泰国和菲律宾的共产势力也有所加强。当时印尼总统苏卡诺则宣称新势力将取代旧势力而成为胜利者。
正是这个时候，马来亚首相东姑阿都拉曼于1961年5月公开表示有意组成大马来西亚，也就触怒了印尼。
本来东姑坚持保持原状，因为在马来亚独立时，英文名称为The Federation of Malaya，而马来文则称为Persekutuan Tanah Melayu。他也担心一旦成立马来西亚“马来人土地”的字眼就会消失了。
美国方面，原先并不积极支持“马来西亚计划”，因为它发现到维持东南亚现状能保持时局的安定，对西方和美国也是有利和重要的。但当年英国为了不让美国过于插手东西马事务，也就按其战略继续推进马来西亚计划，也认为其有能力抑制共产活动。后因肯尼迪遇刺（1963年），整个局面起了大变化，美国也无暇顾及马来西亚计划。
在这个过程中，有出现两个大课题：其一是在1962年，应联合国要求，英国成立了以柯波（Lord Cobbold）（曾任英国银行总裁）为首的调查委员会。这个委员会尚包括两名马来亚代表，即外交部常任秘书长加沙里沙菲宜及槟州首席部长王保尼。即便这份民意调查是要确认东马人民是否同意加入马来西亚，但后来被认为只是做做样子。
在讨论阶段，委员会意见闹分歧，一个是不要有过渡时期的安排；另一个是要有过渡时期，即英方仍保留其控制权3至7年。
东姑对此十分不满，他认为合并就是合并了，还要过渡时期？结果在柯波报告书发表后，咸认大多数人民已支持加入马来西亚。也就意味著东马人无异议，也堵住了印尼和菲律宾的反对声音。
其二是，沙巴和砂拉越向英方提出签署加入马来西亚的条件，即沙巴20点协议及砂拉越18点协议，是为了保障东马的利益。
来到今天，东马也就依据马来西亚协定要求有更大的自主权。
马印对抗
另一方面，因为马来西亚的成立，引发印尼发起对抗，两国陷入断交。其实印尼的苏卡诺早在1957年已提出改革方案，将“纳沙贡”（宗教主义、民族主义及共产主义）列为印尼的治国方针，自然促使英国转向支持马来西亚，以打击印尼的亲共政策。
这种政策是前面抗虎，后面引狼，得不偿失。马来西亚也陷入反共反华多年。
吊诡的是，马新左翼势力经1964年大选失利后，又一轮的风暴在印尼席卷开来。1965年，亲苏卡诺的部队被指发动政变，杀死5名将领，但其中一位重要人物纳苏顿（国防部长）逃了出来，他马上指挥装甲司令苏哈多进行反政变。就这样苏卡诺的部队缴械投降了，苏卡诺大权旁落。苏哈多上台（1967-1998），推行强硬的反共政策，印尼共产党被查封，数十万人生死未明，而有十馀万华人或被杀害或被遣送回中国。
一个反共的东南亚也就因苏哈多的掌权而巩固30年之久，直到苏哈多下台后，1998年印尼才翻开新的一页。又是经过20年的变革，佐科总统如今也把印尼带入正轨，走向不结盟政策，在今年10月即将把政权交给普拉博沃接手。尤其印尼在迁都加里曼丹后，将与马来西亚更加紧密的合作，马印的历史新页就在时局改变下，成为亲密邻邦。
