进入苏哈多执政的新秩序时期（约32年），苏哈多政权对华社采取双重政策，一是在经济上不再那么经济民族主义，而是知道要善用华裔华侨的资金、经验与技术，以便共存共荣。这与苏卡诺的经济排华政策相反。其结果，新秩序时期，华裔华侨经济又恢复了活力，也促进印尼经济的整体发展。
只是苏哈多家族与军人搞经济（在印尼这称为双职能，即军人不仅仅是军人也掌控主要经济与企业）产生了严重腐败现象，引得民怨四起，最终在1997-98年的金融货币危机中倒台。
1999年后，印尼进入了另一个阶段的改革与民主化阶段。这个烈火莫熄活动，也影响了大马。说起来，早在1920年代马来亚的马来左翼思潮与运动也深受印尼影响；实则，不少马来亚与马来左翼领导人物也有印尼背影，如依布拉欣耶谷（Ibrahim Yaakob），其是最早的马来政治组织KMM（马来青年协会）的创办人。
1999年以后的印尼可说是新生的印尼，在很多方面均与旧秩序不同，如政党政治的复兴。在1955年大选时，印尼曾出现约100个政党；在1999年后则正规政党也有48个令人言之不胜记。其中，还有基督教政党与华裔政党。
就华裔华人而言，这也是华裔华人潜能更能全面解放与发挥的新时代。首先，许多限制华裔华人的法令被废除，如不能从政从军；其次，华人文化习俗与语文也得到解放，如华文报刊复兴，学习华文的活动，如补习班也如雨后春笋般兴起；2001年梅嘉华蒂当总统时，还宣布华人新年是全国假日；2006年还取消了华裔华人为非土著的地位。
在苏哈多执政时期还曾限制华裔华人入籍印尼，不准归化也禁止中国移民再入境，以至不少华侨不是非公民就是无国籍。或许，可以说新政权的出现也出现了一定程度的转型正义，也就是说新政权致力纠正与平反过去的冤案与不公。就此点言，1999年后的印尼可说是个新印尼，令人耳目一新。
孔教地位
从华裔华人的角度言，他们已从局外人的地位转为局内人。2003年身为印尼人协主席的阿敏（Amien Rais，也是印尼第二大伊斯兰组织Muhammadiyah主席）还公开呼吁把孔教（儒教）列为官方认可的宗教之一。这确是不同凡响的提议。印尼可说是当今世上第一个把孔教列为正式官方宗教的国家。其他不少国家领导人也发表了不少亲华裔华人的言论。
继梅嘉华蒂当上总统的苏西洛更强调他是位“人民总统”，也公开呼吁要公平公正对待华裔华人。尽管这是政治人物争取支持的言论，但也显示出华裔华人在印尼依然是股重要的力量，特别是在城市地区（也就是华裔华人较集中的地区）。
印尼曾是世界最排华的国家之一，可随著世异则事异，它竟然也变成了一个可包容华裔华人的国家。不仅是政治人物，民间对华裔华人的观感也颇有改善，如锺万学能当上雅加达省长便是一例。虽然他因对伊斯兰出言不逊而再任落选。可整体上言，今天印尼人一般上不再把华裔华人当作局外人。回顾历史，这确是件令人感到有点不可思议，但愿这个新趋势不再逆转。
印尼华裔华人终于能从侨民转为公民，也普遍在政治上认同印尼为祖国，但与此同时也要恢复华裔华人尚有价值的文化传统与习俗如新年舞狮，重新学习华文等，这显示出他们也认清楚政治认同与文化认同是可以并存而不是非此即彼的。
这确是一种认识上的进步，反观大马竟然还有人说，华人得关闭华小才能当首相，难道这些人要倒退回1999年之前的印尼时代，印尼已前进了，大马人难道反而要倒退？
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