新纪元事件导致华教队伍大分裂，道不同不相为谋，林连玉基金会与董教总分道扬镳。董总和教总的合作经不起考验，貌合神离迹象越来越明显；林连玉基金会秉承林连玉为民族教育的鲜明立场前赴后继，近年更配合时代所需，争取民主人权。
华社对林连玉基金会寄望甚殷之际，被基金主席杜干焕博士肯定为“能干、有策略和负责任”、身兼行政主任与高级执行员的黄业华，1月11日突然接到由董事会义务秘书李亚遨签署，暂停行政主任职务的通知书，随后又收到常务董事会要他出席听证会的信。
血气方刚的黄业华，“觉得在李亚遨的掌控下，林连玉基金已成了没有公义的地方。在处理义务秘书与行政主任矛盾的时候，毫不讲理的就根据义务秘书片面之词制裁本人，对行政主任没有丝毫信任。本人完全不相信内部调查委员会是个公正的申诉管道，因此决定杯葛内部调查委员会，以示强烈抗议。”2月4日，黄业华致函全体董事，表示：“既然义务秘书干预行政部的问题已持续一年有余，董事部也没有意愿解决这个问题，继续下去只会造成更大的冲突。本人谨此辞职。”
值得注意的，是黄业华在辞职信说：“2008年新纪元学院风波爆发时，许多支持院长柯嘉逊的华教人士，频频以‘董事部干预行政’的理由批评叶新田……指责他没有像林晃升般将秘书处同仁视为平起平坐的战友……当这群被叶新田排斥的华教份子在林连玉基金活跃时，他们竟然依样葫芦允许义务秘书李亚遨任意干预行政权……这证明‘董事部不得干预行政权’只是批评叶新田的工具，而不是他们奉行的原则。”矛头指向全体董事。
黄业华把来往书信和感受一股脑儿贴上面子书，使内部矛盾尖锐化。
我发表的意见，被友人认为是火上加油使事态恶化。我并无此意，而是以处理劳资关系的经验为基础，认为李亚遨和董事会的信不完全依照劳工法令的程序和要求进行；我劝黄业华必须出席听证会，因为“根据劳工法令，听证会是有约束力的，即使员工不到场，听证会也将依据规定的日期和时间进行。
因此，员工不出席听证会，不给自己机会在听证会上辩护，是很吃亏的。”
“冰冻三尺，非一日之寒。”黄业华在某报2012年元旦访谈中表达的中心思想，很有“长他人志气”嫌疑；擅自删除部分董事名字，是不该的。
另一方面，民主人权高涨时代，“君要臣死，臣不得不死”观念已经落伍了，处理劳资关系必须根据法令进行，任何疏忽，都可能是无可挽回的失策。
