某些论者把布鲁诺当作第一位被宗教专权迫害的科学家，实属误会，布氏被害的原因更在于异端思维和叛逆姿态。至于伽利略，虽确是在信奉日心说的名堂下被裁判所判处软禁，惟背后的“因缘”著实没那么简单。坊间部分人，包括专栏作家，动辄给中世纪的科学和宗教/神学做“楚汉相争”式的敌我分割，诚属草率的化约主义。
日心说原先不是太“致命”的课题，若它持续被视为一种假设或数学程式的话。当时的教界也并非不能通融，甚至珍视科学的专业讨论（其实早期的教界和学界区分不是太清楚）。事实上，教会一向鼓励，甚至资助科学研究，对中世纪的科学发展贡献良多。即便相对原教旨主义的马丁路德和卡尔文明确谴责日心说，但北方的新教圈中仍有部分学者肯定之，如开普勒就是在图宾根大学通过麦斯特林（Michael Mastlin）承续哥白尼学说的。
另外，马丁路德的重要同志，神学家梅兰希顿（Philip Melanchthon）在主掌威丁堡大学的课程设置时，也并不排除教授哥氏的理论。至于当时顶尖的丹麦天文学家布拉赫（Tycho Brahe），虽无法认同日心说，但多少还是接纳了哥氏的说法，同意其他天体都围绕太阳而转。当布氏的助理开普勒更完善了日心说后，学界已逐渐认同之，新教界也没太大的阻挠（有观点认为其实也阻挠不了，因新教缺乏如教廷般有力的专权结构）。
1610年，当伽利略发表其通过望远镜证明天体不过如地球般由“凡间”的物质及形式构成的发现时，轰动了整个学界，因这颠覆了传统上视天体为接近神界而更为精致、完美的观念。不过这发现当下也未招致教界的全面抨击，反而还受到包括耶稣会学者的肯定。直至1614年，伽氏才开始遭遇越来越严重的批判和指控，因日心说已日渐成熟，这令一向借托勒密—亚里斯多德理论来支撑其神学权威的教会人士倍感焦虑。
1616年裁判所正式宣判日心说为谬论，伽利略被警告不许再教授、辩护或讨论之，至此教廷的立场才真正明确。无论如何，若把教廷等同于“宗教”，恐怕也有欠客观。如详读历史，亦可了解伽氏于1633年被裁判所审讯和判刑的背后故事非常复杂，牵涉私怨、偏见、阴谋、政治动机等，不光是基于神学因素。宏观而言，迫害伽利略的，更是独裁的意识形态霸权孕育、纵容了足以蹂躏个体的体制怪兽。
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