哥白尼于1543年临终时才出版主张日心说的名著《天体运行论》，惟其观点早已于学界传开，罗马教廷对此也并非懵懂——1533年即有学者向教皇讲解哥氏的理论。实际上，哥氏本身也是天主教教士，而鼓励或催促他出书的同侪也包括主教和枢机主教。哥氏死后，教会大学也一度不避忌在天文学课中使用该书，这显示教界中人也并非全属决然抗拒日心说者。
首先跳出来谴责哥氏离经叛道的，其实是新教领袖马丁路德和卡尔文等。不过《天体运行论》的出版亦有新教徒的参与，包括哥氏学生列提克和出版者奥塞安德尔。惟在未告知作者之下，奥塞安德尔为了降低风险，私下补充了一篇旨在“救火”的佚名序言，宣称日心说只是个“方便演算的方法”，建议人们毋须把其太当真——如此“权宜之词”，或真的确保了该书的顺利印行。
哥氏死后的第5年，布鲁诺（Giordano Bruno）出世。布氏曾是那不勒斯多明我会（Dominican）修士，但颇受古典哲学，包括新柏拉图主义的影响，属少见的特立独行者。他主张思想和言论自由，除了质疑主流神学，也敢于顶撞权威，以至经常得罪当权者。布氏并非严格意义上的科学家，但和当时不少的学者一样认同日心说，甚至提出“无穷宇宙”的前卫概念。他认为《圣经》的经义应著重在道德教化，而非天文学，显然意指宗教不该干涉科学。
布氏的时代也是新旧两教之间的矛盾和竞争逐步白热化的时代。新教一向狠批教廷对偏世俗的古典知识和风气太过纵容（文艺复兴时代的教廷非常开明，甚至“流俗”），而教廷对此也开始有所“自省”和“自律”，包括于1542年设立罗马裁判所以整治异端和败德问题。于是，原本尚可通融的日心说开始被检讨，教廷越来越意识到其对主流神学的冲击，包括颠覆根深蒂固的人类中心论和“天上圣界—地上俗界”截然两分的观念。
无论如何，若说布鲁诺因支持日心说而被裁判所迫害也未必正确。据不少研究者，他其实更因本身的自由思想和非正统神学，加上因违纪（乃至或被人诬告渎神——如质疑“三位一体”和耶稣之神性）而冒犯了教廷，结果于1600年在罗马的百花广场上被活活烧死。简言之，与其列布氏为早期宗教迫害科学的人证，不如封之为自由主义的殉道者。实际上，直到1616年，教廷才正式宣判哥白尼的日心说为“谬论”。
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