六十年代初期，印尼总统苏卡诺因反对马来西亚计划的实施而与马来西亚交恶，立场倒向中苏，也指责马来西亚是“殖民主义产物”。马来西亚于1963年9月16日成立。这一天马印对抗拉开序幕。
原本这只是马、印及菲三国的纠纷（菲国认为东马的沙巴是它的领土，属于早年菲律宾苏禄王国的一部分），可通过高峰会议协商，即使联合国较后派出代表团到东马鉴定民意（调查报告显示东马人支持成立马来西亚），在公布东马人民基本支持加入马来西亚时，也不主张三国之间持续对抗下去。
但预想不到的悲剧是在1965年9月发生，亲苏中的苏卡诺总统的警卫部队迅速起事，有多名右翼军官被杀害。支持总统的部队指责美国中情报局在印尼成立一个将领委员会，拟推翻苏卡诺总统，因而先下手为强，发动政变。途中不幸被亲美的装甲司令苏哈多拦截，开展大规模的反政变运动。
在此紧要关头，苏卡诺的部队抓不到国防部长纳苏顿；而在另一方面，逃脱的纳苏顿将军急快与美国联系，也喻令他的装甲司令苏哈多反扑。
在一变一反的过程中，反政变取得了上风，而苏卡诺一向主张的“纳沙贡主义”（Nasakom），即苏卡诺于五、六十年代所鼓吹的民族主义、伊斯兰主义及共产主义的三合一，以成为印尼国家的新政策，则在陆军内发挥不了作用；加上印共总书记艾迪出手迟了一步，数十万印共在短时间内被反政变集团屠杀了。苏卡诺的军事政变失败了，后果十分严重。
首先是领导反政变成功的装甲司令苏哈多软禁了苏卡诺总统，接掌印尼政权。整个局面翻转回来，马印恢复邦交。翌年印尼却与中国断交（1967-1990）。
美苏国际势力斗争
除了印尼政局全面改变外，另一个十分重要的转变也必须提及。这关系到美苏的国际势力斗争。其中最明显的是美国借印尼政变将中东的主要国家拉拢过来，从亲苏到反苏。在东南亚乃至亚洲一边，美国中情局全面反制类似印尼“纳沙贡”思想政策，不让共产主义骨牌效应灵验。
在右翼政府全面的压制下，印尼数十万华人被驱回中国，也全面禁止华校及华文书报刊物在市场流动。苏哈多的反华和反共也给印尼华人带来了近两代人的文化失落，直到1900年中印复交后，才逐步放宽华文书报的进口及发行，也允许华校复办，甚至可以开办学院。
不过，美国在六十年代后期借印尼事件煽起了宗教与共产主义是不可协调的，目的是告诉穆斯林坚守其伊斯兰教义，不要与马克思主义挂钩。当时美国方面的舆论说：必须要不断鼓吹伊斯兰与马克思主义是对立的，也格格不入，并指责马克思说“宗教是鸦片”。这种说法也是穆斯林不能接受的。
也是在1969年后，美国意识到伊斯兰是抗拒马克思学说的有利工具，乃鼓励伊斯兰国家用伊斯兰名义团结起来，定名为“伊斯兰合作组织”（Organisation of Islamic Co-operation）。这是以沙地阿拉伯牵头的，共有57个成员国，其中有约7个是穆斯林占少数的成员国。
总部设在沙地阿拉伯的吉达市，是在1969年9月25日成立，而在1970年举行首届外长大会。刚巧沙地所推行的瓦哈比教派也是带有强烈的保守宗教思想，因而成为宗教团结族人的最有力的国家。也可以说，印尼的政变对世界伊斯兰国家的影响是至深且巨的。
譬如，在70年代美国开始对阿富汗进行渗透。伊斯兰教就是用来打击当时亲苏联的阿富汗势力，甚至怂恿沙地阿拉伯人到阿富汗打“圣战”。
阿富汗是一个内陆国家，只有一条狭长的走廊将阿富汗与中国边界连系起来。这条长度400公里的瓦罕走廊，有300公里属阿富汗，只有100公里在中国境内。它曾经是古代丝绸之路，如今在阿富汗几乎荒无人烟，只有中国军队在本身的边界日夜巡逻。这个国家有42%普什图人，总人口逾3000万，有99.7%是穆斯林。
阿富汗的局面
从1747年到1842年，阿富汗的杜兰尼帝国成立（由英国强行划分印度与阿富汗分界线）。在1840年后，由巴拉克宰王朝取代。但在1919年转为阿曼诺拉汗国王当政，他打败英国，迫使后者让阿富汗取得独立。
1973年，达乌德汉发动政变，推翻其兄查希尔·沙阿的政权，废除君主制，建立共和。到了1978年，阿富汗人民民主党在苏联的支持下又发动政变，将达乌德汉处死，但上位的民主党总书记哈菲佐拉·阿明又与苏联闹翻，导致苏军在1979年大举入侵阿富汗，阿富汗沦为一个支离破碎的国家。1989年，苏军不堪沉重负担，宣布撤军，留下一个大烂摊子。
圣战的流行，对苏联是致命的打击。因为宗教与马克思主义被认为是不能共存的。吊诡的是在五、六十年代，伊斯兰国家对苏联的军援是不拒绝的，甚至与马克思学说是可以共存的。毕竟苏卡诺的“纳沙贡”思想就是主张宗教与社会主义相结合。
其中基地恐怖组织领袖奥沙马本拉登就是美国中央情报局培养出来的反共领袖。未想在苏联撤军后，奥沙马在阿富汗组织了恐怖组织阵地反过头来也用“圣战”向美国挑战。
与此同时，于1994年在阿富汗冒出的塔利班组织，在1997年成立阿富汗伊斯兰酋长国。这个组织的领袖奥马（2014年病逝）则给奥沙马本拉登提供庇护。阿富汗又从共和走向极端的政教合一政权。
结果在2001年9月11日发生的“911”事件震撼美国与世界，美国指责阿富汗的极端政权与基地恐怖组织与骑劫飞机撞毁纽约的两座摩天大楼事件有关。于是在同年的三个月内，阿富汗被美军夷平，结束了塔利班政权。意想不到的是，在20年后，塔利班又起死回生，且宣称要推行原来的伊斯兰法（Sharia），引起民众揣揣不安。
如果塔利班不能抛弃过去令人唾弃的政策，来一个全新的治国方案，走向现代化和开明施政，那等待它的将会是另一次更大失败的苦果。就不知这一回塔利班会改头换面吗？
从60年代的印尼反华反共政策到今天的塔利班重返阿富汗局面，也显示美国利用宗教分子反华反共，到头来是搬起石头砸自己的脚。
