经过2002年董事会风波的结束及随后的章程修改，在吴建成校长提出的“让尊孔回归华社，让教育回归本源”的两大总方针、“尊重关爱、有教无类、全面发展、因材施教”四个教育理念，通过“教育民主化、生活化、多元化、本土化、国际化、网络化、终身化和专业化”的“八化”教改方向以提高学生“学会求知、学会做事、学会共处、学会做人、学会改变”这五种学习能力。
在实践上，吴校长亲领教师团队，力抓下列工作重点：1）开设特辅班，以体现有教无类的教育理念；2）强化课外活动及体育活动，促进学生的发展；3）发展网上教学、英语教学改革及强化资源中心，以提升师生适应资讯时代的能力；4）增设生活技能课程及武术课，以扩大因材施教的条件；5）提倡户外教学和联课活动以促进教学的多元化；6）大量减低考试的次数，采取多元评估制度逐渐降低应试教育的压力；7）强化师资培训及教育研究，以提高教师的专业水平；8）柔化训导，强化辅导的人性化管教策略；9）以身作则，以实际行动提倡独中资源、经验分享及独中一家亲的团队精神，以促进全国独中的教改运动。
吴校长在多数董事的支持下，选择了一条知难而为的教改路线，通过努力终为尊孔带来了8年常治久安及稳健的发展势头，学生人数也由1100左右激增到约2000人，在各方努力下董事会存款也由80多万增至近千万。8年的呕心沥血，把吴校长的身体拖跨了，最终吴校长因健康理由，在2010年离开尊孔这压力锅，回到丹中这小型独中继续为华教服务。
果断解雇校长
之后，董事会在只有二人应聘的情况下，聘请了有多年教学经验的黄奕成当校长，但几个月后黄校长因办学能力受到绝大多数主任老师的质疑而辞职。之后的潘永强校长，在四年多中也有所建树。
接下来的余德林博士却是一位让多数董事（包括本人）另眼相看的校长。他的知识和口才确能让人倾倒。但上任不到几天，令人无法理解的事却接二连三地发生，让负责聘请校长的四人小组及知情的董事越来越不安。接著余校长一连串的言行，终引起了几乎所有的行政主任不满，并联名向董事会上书投诉，董事会在了解真相后，召开紧急常董会议及紧急全董会议。在全董会议上以约20多票赞成、5票中立、无人反对的情况下，通过解聘余校长。
如果余校长的言行都是正确的，那董事会议上那20几位坚决要他下台的董事不都是弱智吗？导致余校长被辞退的事有好几件。为了说明事情真相，我提出其中数项：
1.行政主任们多次请求新校长，尽快召开行政会议以处理许多急须处理的校务不果后，联名上书向董事会投诉，当财政及董事长各别去找校长了解情况，校长却指，行政会议是“大便”和“垃圾”。这种目空一切、口出狂言的高傲，令董事部反感，是可忍孰不可忍。
2.余校长一上任就高薪聘请一个没有足够人事管理经验，一个27岁的其前学生任人事部主管，管理全校200多位教职员。上任几天就在校长指示或知情的情况下，向全校教职员发出一封中英双语的行政指令。这封可能是全国独中第一张双语的行政指令，不正是政府想在华小搞双语教育的帮凶。这种触动独中核心办学理念的举动，竟然没事前和董事部协商。
3.余校长坚持的1万5000令吉月薪（包津贴）不但远高尊孔历任校长，很可能也远高于全马独中。赞助人齐护航余校长无法让人苟同的言行还有许多，尊孔绝不会无中生有。四人小组在聘请余博士前，没向南方大学学院了解余博士在该校的表现是一大疏忽。
余校长的事件是尊孔的不幸，但却是华教的大幸。一位资深的华教人士就认为尊孔董事会能这么快看到自己的错误，并勇敢面对及采取坚决果断的措施，这种临危不乱及果敢处理危机的作风和勇气，应成为华教的标兵。
从近日的发展来看，尊孔8月28曰的董事选举，肯定会有一番激烈的竞争。一批失意人士为了卷土重来料会利用余校长的事件大做文章，用各种手段抛出似是而非的论调来丑化现有的董事。
做独中的董事是一种手摸良心的工作，今天我手摸著身上这棵在尊孔已泡了快17年的心，呼吁那些不想看到尊孔再陷动乱局面的赞助人踊跃地出席8月28日的赞助人大会，为维护尊孔这十几年得来不易的长治久安及稳健的发展投下手中的一票！
我们都不是教育家，在逆境中挺身而出来参加独中的办校工作本不容易，每个人都会有不足的地方，但只要心是热的、正直的，尽量发挥各人的长处，我们都能人尽其才、物尽其用地为民族教育出点力、尽点心、发点光。大马二百年华教的路就是先贤和我们历代人承先启后，一步一脚印走出来的。
今天，我们呼吁赞助人出来维护尊孔得来不易的稳定及稳健的发展，不是为了任何董事个人的面子，而是为了尊孔这二千多株需要我们去呵护的民族文化火种。尊孔的成败将体现在这些孩子的身上，而不是我们董事的面子上。
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