2012年，ICC以谋杀、强行驱逐、迫害等反人类罪名起诉肯雅塔，称其涉嫌制造2007年底到2008年初大选后发生的全国性暴力事件。该暴力事件导致1000多人死亡、约数十万人无家可归。
今年10月，肯雅塔赴海牙出席ICC庭审听证会，由此成为全球首位在ICC应诉的在任总统。
ICC首席检察官班苏达在一份声明中表示，肯尼亚方面没有积极配合检方调查，对案件审理造成“严重影响”，“检方无法充分掌握2007年底至2008年初肯尼亚大选后全国性暴力事件的相关资料”。
不过，班苏达强调，她保留在获得更多证据情况下再次起诉肯雅塔的权利。
消息公布后，肯雅塔声言对于“获证清白”感到“兴奋”和“松一口气”，强调自己良知“绝对明确”，质疑ICC的指控“是在未有恰当调查下仓促提出”，指摘ICC“显然不够完善”，是“极坏榜样”。
成立以来最大挫折
肯尼亚外长穆罕默德指政府会寻求另外两宗类似指控取消，后者牵涉副总统鲁托。
人权医生（PHR）冲突地区性暴力项目主管指出，对数以千计期望ICC将肯雅塔绳之于法的生还者来说，放弃起诉决定令他们震惊。
美国西北大学国际法教授甘多洛维奇更形容，这是ICC“在世纪之交成立以来的最大挫折”。
2007年12月底肯尼亚举行大选，时任总统齐贝吉宣布胜选连任，但反对派候选人奥廷加的支持者质疑选举舞弊，全国各地掀起骚乱，警察出动镇压。
其后乱局升级，反对派支持者开始攻击齐贝吉所属的基库尤族人（Kikuyus），造成不同种族之间暴力报复。
联合国前秘书长安南赶往斡旋，促成齐贝吉续任总统、奥廷加任总理的妥协方案乱局才平息。事件造成至少1200人丧生，60万人流离失所。肯雅塔当时属于齐贝吉同一政党中不同派系的领袖，事件令他在政坛分得一大杯羹，得到副总理一职，甚至一度兼任财长，最终去年竞选总统成功。
不过肯尼亚国家人权委员会将他与上述暴力扯上关系，指他涉嫌和其他基库尤族部长开会，组织向反对派支持者的报复攻势，包括下令警队动用过度武力对付示威者。
但值得一提的是，尚未获撤控的现任副总统鲁托正是属于当年与基库尤族对立的卡伦金族（Kalenjin），倘若肯尼亚政府未能争取ICC放他一马，国内的种族冲突或有死灰复燃的危机。
