国民党主席马英九在中常会上正式请辞后离席，中常会继续进行。国民党中央发布新闻稿指出，因党主席马英九请辞，依据党章，由现任第一副主席吴敦义担任代理主席。
另外，由于第二副主席曾永权已请辞秘书长一职，为因应党务工作需要，会中也无异议通过由第三副主席洪秀柱暂代秘书长。
加速党主席补选
会中推举出的代理主席主要负责党主席的补选工作，根据党章规定，党主席出缺时，须在3个月内完成补选。不过，因国民党内认为目前情势特殊，必须迅速底定，以避免纷乱，因此决定加速党主席的补选时程。经组发会研议，决定将在10日的中常会通过补选草案与公告，并预计在明年1月底前完成补选。
马英九稍早时在中常会中正式请辞党主席，为败选负起最大责任。他在致词时表示，对刚结束的九合一地方选举，首先要感谢所有选民在这场民主选举中的表现，每一张选票都代表人民对台湾这块土地的爱。
“这次选举结束提醒我们，掌握权力，就必须谦卑倾听”。他表示，在这场地方选举中，国民党遭遇到前所未有的挫败，身为党主席，“我要向所有的支持者道歉，我有负于创党的先烈先贤，我很惭愧，我让大家失望了”。
马英九鞠躬道歉
马英九说：“我必须深刻的反躬自省，也责无旁贷必须为败选负起最大责任。”他因此向中常会宣布辞去中国国民党主席的职务，也再次向大家诚恳的道歉。他深深一鞠躬，时间长达10秒钟。
马英九在离开时走向主席台前向中常委一一握手致意，吴敦义、曾永权等人跟随在后，现场播放《总理纪念歌》，有人给予拥抱，有人激动落泪，在旁的党务人员不禁红了眼眶，场面令人感伤、不舍。
离场前，马英九再次向大家挥手，吴敦义、另一名党副主席郝龙斌等人陪同马英九离场，国民党7位副主席中，朱立伦、胡志强并未出席。
