古时候，科学实际上是哲学的一环，早期的科学家往往就是哲学家，如泰勒斯、毕达哥拉斯、亚里士多德等。甚至从整个中世纪到现代初期，科学还被称为“自然哲学”。中世纪时期，不论是欧洲或伊斯兰世界的科学家，大体上都视科学和神学相干，乃至借科学来“证明”神学之观念和义理。换言之，那时代的科学自然是讲求价值的，即宗教的价值。
然欧洲自文艺复兴以后，科学开始渐渐取得本身的独立性质和性格，越来越发展成一门新学问，不仅独立於哲学，更独立于宗教。尤其经17世纪的科学革命以后，人们开始意识到科学不仅能提供新知识、新技能，甚至还能挑战某些一贯以来所理解和信仰的真相及真理，并由之产生新的视野、想像、理念和信念。
换言之，即便独立於哲学和宗教，新时代的科学还是讲求价值的，不过不一定就是宗教的价值了。
直到今天，或许基于对科学的不够了解，某些人还是过于简单地把宗教和科学对立起来，认为唯有宗教和哲学才有助于建构正面价值，科学则只有工具性意义及角色，所以必须由宗教或哲学来引导之，否则会“被滥用”。坦白说，科学偶会被滥用的确是事实，如被用来制造杀人武器或替商家谋暴利，但由此而论定科学只是工具未免太武断。事实上，何止科学，作为意识形态的宗教也同样会被滥用，且其可能引爆的灾难，也同样令人触目惊心。
话说回来，科学作为一门学问所能创造的价值，其实一点都不比宗教少，某些或也与宗教相通。如说科学对追求真相和真理既认真、严谨但又不武断和顽固。客观且开放的科学对于任何既定认知和推论，不仅欢迎其被证实，也同样欢迎其被证否，只要过程符合科学方法。
科学不自以为“全能”
至于不依照科学方法取得的认知和推理，科学界虽不承认，但一般上也不会去干涉，甚至在不危害他人的条件下还可以表示尊重。如此客观性和开放性，诚比许多宗教更“开明”。
某些人以为科学不比宗教更尊重大自然，其实也是种误解。事实上人类对大自然的“统管”和“享用”心态所造成的破坏，诚与一些宗教所灌输的“人类中心主义”息息相关。乃至，早期科学界流行“征服”、“改造”大自然的思维，恐怕也出自主流宗教传统的影响。
不管怎样，今天的科学界基于对大自然的更深入了解，普遍上已倾向保护自然、维持生态平衡，毕竟越来越多科学研究可说明人类赖以为生的生态是多么脆弱。
具言之，科学有其“短板”是事实，所以科学始终不能替代宗教或哲学来发挥一些关键社会角色及功能，但科学一般上也不会自以为“全能”而试图“称霸”人类生活的全部，那毕竟是有违科学精神的。
孔子所言的“知之为知之，不知为不知”诚可谓科学的本质态度，所以科学界一般上承认，乃至欢迎多元性，这则是一些有较重之“权威包袱”的宗教所难以做到的。总之，理性的科学协助完善了感性的人类，而非要全盘定义之。
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