恐怖主义阴霾笼罩全球，美国也是恐怖分子袭击目标之一。美国新总统会如何打击恐怖主义，同样成为全球各地关心的议题。
共和党的川普多次直指总统奥巴马以及曾经担任国务卿的民主党对手希拉莉，任内政策失败，助长恐怖组织“伊斯兰国”（IS）崛起，在叙利亚和伊拉克设立据点。
川普的反恐政策强硬，虽然表示美国在他管治下不可再当“世界警察”，但放话会在当选后，给军方将领30天时间，提交击溃IS的方案。他反对推翻叙利亚总统巴沙尔阿萨德，赞成与俄罗斯总统普京合作打击IS。
他又声称会增加数以百亿美元计军事开支，计划大幅增加现役兵员、海军舰只及潜艇数目。
希拉莉则强调她以往的经历，为她带来反恐的“实战经验”。
她承诺会继续与全球盟友合作打击恐怖主义以及加强空袭、支援盟友打击IS，同时继续对库尔德及什叶派民兵的军事援助，但表明美国担当支援角色，不会派地面部队到叙利亚或伊拉克。
虽然希拉莉也赞成与俄罗斯合作打击IS，但她主张应推翻阿萨德政权。
在应对本土袭击威胁方面，川普除了在入境政策著手，主张禁止穆斯林入境，也提倡主动调查美国穆斯林群体，要将本土激进主义消灭于萌芽之时。
但希拉莉认为，政府应与美国境内的穆斯林加强沟通，因为他们是应对本土恐怖主义的最佳防线，可以协助识别出突然变得激进的潜在袭击者。
