伊斯兰祈祷团（Jemaah Islamiyyah）是由阿都拉桑卡（Abdullah Sungkar）与阿布峇卡巴希尔（Abu Bakar Ba’asyir）于1993年1月1日在马来西亚所创立，其最终目标是建立一个以极端主义意识形态为基础的横跨东南亚地区的国家。
虽然伊斯兰祈祷团作为一个独立的组织，其行动决策大多都由组织内部作出，但团内资深成员已和许多国际性与区域性的恐怖组织建立了联系。
伊斯兰祈祷团与基地组织具有共同的意识形态，双方不少成员曾参与了1980年代和1990年代初期，在巴基斯坦和阿富汗的作战和训练。
同时，伊斯兰祈祷团的行动总指挥努尔嘉曼依萨慕丁（Nurjaman Riduan Isamuddin）亦是基地组织成员之一，他与拉米兹尤索夫（Ramzi Ahmed Yousef）关系密切，后者因策划1993年美国世贸中心爆炸案获判终身监禁，目前正关押于美国科罗拉多州的一座高戒备监狱中。
努尔嘉曼还曾协助安排伊斯兰祈祷团成员，远赴基地组织位于阿富汗的营地接受训练，数名在新加坡落网的成员供认了此事。
此外，他还安排了基地组织成员在2000年1月访问吉隆坡，其中二人便是911恐怖袭击事件的劫机犯。
除了派出成员远赴阿富汗接受训练，伊斯兰祈祷团还负责建立空壳公司，以向基地组织输送购买武器与炸弹的资金。
不仅如此，伊斯兰祈祷团还曾策划及实施了多起恐怖袭击，如2002年10月12日的印尼巴厘岛爆炸案，这起事件是印尼历史上死亡人数最多的恐怖袭击，共酿成202人死亡与209人受伤的惨剧。
联合国于2002年10月25日将伊斯兰祈祷团列入制裁名单，理由是与基地组织或塔利班有所关联。
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