马英九周六晚在选举成绩揭晓后，率领党内主管召开记者会，向支持者鞠躬致歉。他在谈话中强调，“这次选举，人民传达的讯息我都收到了”；“此刻我的责任，是尽快提出改革方案，回应人民诉求，我不会回避任何责任”。
他同时呼吁国民党籍候选人放下选战期间的激情对立，让“国家”利益超越个人和政党意识，和大家一起为台湾打拼。
根据党内人士表示，面对败选情势，马英九必须稳定军心。
国民党有党章规定，所以必须要有步骤，尤其马英九身为主帅，必须冷静、镇定，但马英九绝不恋栈；面对外界批评，马英九也绝不会回避，一定会负起该负的责任。
相关人士表示，马英九将在周三（3日）的中常会中做出重大宣布。
吴敦义依党章暂代
不过，国民党发言人陈以信周日向英国广播公司（BBC）中文网表示，虽然马英九个人对职务并不恋栈，但是现在是党内需要稳定的时刻。
根据国民党党章规定，主席一旦缺位将由目前第一副主席吴敦义暂代；且要在3个月内召开临时全国代表大会改选新主席。
吴敦义周日表示，相信马英九考虑过辞或不辞党主席，但“不辞比辞心里要苦”，肩膀上的千斤万斤担子更重，等于蜡烛两头烧。
他说，政的方面从事切切实实的改革，重新挽回人心；党的方面，怎么加强党的凝聚力，对新世代，尤其是网络世代，必须充实较缺乏的领域。
吴敦义表示，辞党主席一辞了事，但可能造成120年历史的国民党面临难题。党章规定，党选出总统为当然党主席。一旦辞党主席，要由谁来接替？照党章规定还要召开全代会修改党章，这些都是总统心头萦绕的重担，“只要稍稍了解辞与不辞之间是千万难”。
内阁今讨论总辞案
另外，行政院长江宜桦和国民党秘书长曾永权，在选举成绩揭晓后相继辞职。现任台北市长郝龙斌周日也证实辞去国民党副主席。
同时，行政院发言人孙立群周日表示，预计周一上午10时行政院将召开临时院会提出总辞案，通过总辞后就进入“看守内阁”阶段，不做重大政策决定，待总统宣布新任行政院长并交接。
这一次选举，民进党在22个县市长职中赢得13席，加上无党籍的柯文哲赢得台北市长，“泛绿”狂胜，执政县市已超过全台2/3以上人口，“地方包围中央”态势已成，国民党政权岌岌可危。
2016大选的两党初选马上就要登场，在国民党政权惨输的情势下，内阁已总辞、党内检讨还在震荡，原被视为可能是“蓝营新共主”的新北市长朱立伦，也因得票不佳、勉强蝉联，在选战中也算受伤，使得蓝营最坏的情况可能是“群龙无首”。
另一方面，台北市长当选人柯文哲今日也公布第一位副市长，由前新北市环保局长邓家基出任。
柯文哲表示，邓将负责府会关系协调等，另两位副市长，若条件相同，将会以女性优先。至于竞选团队的重要干部姚立明、李应元、张景森将会不进市府。
无党籍台北市长当选人柯文哲，昨结束晚会后，仍与幕僚开会讨论未来市府团队人选，今上午柯文哲表示，副市长第一号人选已经确定，就是前新北市环保局局长邓家基。
柯文哲说，上任第一件事情是稳定市府，“常务官都不会乱动，人事更动范围缩到最低”；他也说，第一号副市长人选是邓家基。
柯文哲说，邓家基是总干事姚立明推荐，由于邓家基曾担任新北市议员及新北市环保局长，因此可协助协调府会关系。
