与此同时，菲律宾媒体报导，大马军警联手在清剿苏禄军时，长期居住在沙巴的菲律宾移民也面对池鱼之殃，遭到大马当局粗暴对待，甚至开枪追杀的消息。
虽然这项报导马上被沙巴警察总监韩查泰益驳斥，强调大马军警人员只专注对付苏禄军，但这也反映出“主权行动”这个艰巨任务的复杂。
大马保安部队粗暴对待菲律宾移民的消息，也引起菲律宾政府的关注，开腔要求大马对这项报导做出解释。若处理不当，原本只是打击苏禄入侵者的事件，随时可能升级成为影响大马与菲律宾关系的外交风波。
菲国媒体的报导，我们不能尽信，特别是在战火发生的时候，有太多半真半假的讯息到处流传。尤其是这个冒名的“苏禄王室”，虽然从军力上与大马势力悬殊，但在媒体宣传上，我们也遇到一个不容小觑的敌人。
几乎每一天都有“苏丹”发言人或家庭成员，不断通过媒体发放各种消息，时而要求停火、时而质疑大马提供的死亡数据、时而要求让媒体进入战区。
他们的动机非常明显，就是尽量让越多人卷入这场战事，大马的“主权行动”就越难顺利展开。从对手应用媒体的灵活手腕来看，大马不但要在武力上与苏禄军对抗，也同样也面对一场非常难应付的宣传战。
在苏禄军入侵危机初期，许多人就已经表示担忧，当敉平苏禄军过程中，可能面对难分敌我的困扰。如果苏禄军已经混入人群中，怎么能将他们辨别出来？如果误把我们的苏禄后裔当敌人，是否会进一步把他们推向敌方，成了苏禄军的同情者？而目前的形势发展，也应证了这些忧虑。
另一个让人关心的是，战事长期拖下去，对于国阵政府在随时面对的大选，可能造成的影响。政府对于这起事件的处理手法，有人称赞，也有人批评。整体而言，在危机发生的开始两周，政府选择谈判方式迟迟未能解决危机，普遍受人诟病；政府最终发动“主权行动”反击苏禄军，并强硬拒绝对方停火要求，则受公众赞扬。
沙巴政治走势，更是另一个有待关观察的发展。沙巴一向被视为国阵的定存州，但最近许多选民都因为菲律宾移民问题，开始对国阵心生不满。苏禄军入侵事件，对于选情造成什么样的影响？
国阵领袖认为，政府决心打击菲南苏禄军，已经成功将原本酝酿中的反风压下来；在野党支持者却认为，国阵本来就是菲律宾移民及苏禄军问题的始作俑者，发生苏禄军事件后，只是让沙巴人对移民问题更为担忧。
此外，许多来自菲律宾的苏禄后裔，早已在拥有身份证，有投票资格。这次大马打击苏禄军，是否改变他投票的决定，并成为决定大选胜负的关键因素，且待大选给予我们解答。
