相对第2届全国大选的大胜，联盟在1969年5月11日举行的第3届全国大选中可谓“惨胜”，这届大选因朝野政党支持者在街头爆发动乱而引发“五一三”事件而蒙上污点，国家政府机制近乎2年的时间无法正常运作。
这届大选最影响深远的是，开票期间爆发“五一三”事件，这场种族冲突不但造成人员伤亡，更对马来西亚日后的影响深远，政治、政策及经济的发展进入了另一个分水岭。
虽然东马的沙巴及砂拉越首次参与全国大选，但投票日跟西马半岛没有统一，西马投票日（104个国席及282个州席）为5月11日，而东马投票日（沙巴16国席、砂拉越24国席及48州席）则原订于5月25日，但后因国家元首发布紧急状态而展延至1970年才选举。
在144个国席当中，共有322名候选人提名竞选；而在330个州议席方面，共有840名候选人参选，其中2个新的反对党，即民政党及民主行动党可谓横空出世。
联盟失槟州政权
反对对党首次达成竞选协议，在许多选区达成一对一单挑联盟，巫统受到伊斯兰党及人民党的挑战，而华裔及印裔选民不满马华及国大党在关乎华印族群的政治地位、语言及文化不受政府重视的问题上的态度，从而倾向反对党，马华与国大党全程处于挨打情况。
长达35天的竞选期中，国内的政治氛围相当紧张，朝野政党剑拔弩张；而左倾社阵、劳工党则发起抵制选举，并在5月4日于首都发起群众大会，但因集会出现共产主义口号及标语，导致群众与警方发生冲突，最终使到一名劳工党党员遭警方击毙，而劳工党在9日为这名党员举行出殡葬礼，并在首都街头游行号召选民抵制这届大选。
历经一番激烈的缠斗下，联盟在多名重量级领袖败选、总得票仅49.1%的情况下，有惊无险地在西马的104个国席中的66个国席牢控国会，而总得票率达50.9%的反对党阵营则赢得37个国会议席。
联盟依然无法夺得吉兰丹州政权，并首度丧失槟城州政权，并在霹雳和雪兰莪州皆仅得9个州议席，面对无法组成占大多数席位州政府的窘境。
民政党辉煌胜利
此外，联盟有数位部长及重量级领袖落马，其中一位就是发表《马来人困境》并表示不需要华人票的敦马哈迪。
在大选前一年才成立的民政党则取得辉煌胜利，不但赢得8个国会议席，还一举拿下槟城州政权，在24个槟城州议席赢16席，取代马华执政槟城，而敦林苍佑出任槟城州首席部长。
民政党也在5个州属的州议席成功插旗，即雪兰莪（4）、霹雳（2）、吉打（2），马六甲与彭亨各1席。
另一个有亮眼表现的是脱离新加坡人民行动党后，并在1966年成立的民主行动党，该党派出23名国会候选人及48名州议会候选人参选，结果13人当选国会议员，另外31人当选州议员，成为国会最大反对党。
其他的反对党的表现也亮眼，伊斯兰党赢12国40州席、人民进步党赢4国12州议席、人社党赢3州议席及2个州议席由独立人士取胜。
由于反对党取得空前胜利，民政党与民主行动党在选后的11日及12日于首都举办胜利游行，而时任雪州州务大臣拿督哈伦则率团在13日到甘榜巴鲁对抗，结果两派人马在街头起了冲突，最终一发不可收拾，演变成为流血事件，即五一三事件。
联盟中的马华面对民政党及民主行动党夹攻下，在所参选的33个国席当中仅赢得13席，而且也在槟城州惨败，联盟失州政权，原任首席部长丹斯里王保尼被逼下台，马华自此在槟城州势力式微。
在大选成绩揭晓后，马华总会长敦陈修信以马华不获得华裔支持为理由退出内阁，接著大国内爆发五一三事件，使到国会及内阁解散，一直到1971年恢复议会民主后，马华重新入阁，但却失去了2个原本属于马华的重要的部长职，即财政部长和贸工部长。
东马的选举受到五一三事件影响，最后拖至1970年6月29日才举行投票日，沙巴选举顺利举行，但砂拉越选举却动荡不安，在竞选期时发生投票站爆炸事件，而在投票日当天则发生一批选举官完成工作乘船返途遭马共分子袭击，造成3死4伤惨剧。
国家紧急状态 东姑大权旁落
在爆发五一三事件的种族冲突后，国家元首在5月15日颁布《1969年第1紧急（必需权力）法令》，宣布全国进入紧急状态，中止国会及暂缓东马选举，隔日则成立由时任副首相敦拉萨领导的国家行动委员会取代政府，时任首相东姑阿都拉曼已大权旁落。
在1970年8月30日的独立周年前夕，东姑阿都拉曼宣布9月21日辞职，结束15年首相生涯，而副首相敦拉萨接棒。
敦拉萨领导的国家行动委员会在1969年10月8日发表共97页的《5月13日的悲剧》白皮书，官方将当时暴乱的原因归咎于左倾激烈分子试图夺取政府政权，同时也承认政府派出陆军镇压暴乱共击毙41人，官方的数据显示，五一三事件共有196 人死亡及439人受伤，同时有9143人被逮捕及5561人因涉及携带武器、破坏宵禁等罪名被控上法庭。
在五一三事件后，全国行动委员会提出了数项极具争议性的事项，包括通过快速经济增长来增加马来人在经济上所占的配额。
在1971年紧急状态结束后，敦拉萨已是时任首相，政府在重新召开国会重后，通过新经济政策修正案及修订《1948年煽动法令》。
政治结盟缓和紧张情势
由于联盟在多个州属遭遇重挫，敦拉萨在1972年8月31日国家独立日演讲中，提出联合政府的合作方式，即政治大结盟概念；同年12月28日，伊斯兰党签署13点合作协议后，与联盟结盟，吉兰丹州政权也因此首度归联盟所有。
联盟的“大结盟”概念始于1970年砂拉越选举，因当时的砂拉越州议会出现僵局，砂拉越联盟（土著党、砂保守党与砂华）共获得23席，而反对党中的砂拉越国民党及砂拉越人联党则各得12席，形成了“悬峙议会”，而人联党最终被说服与砂州联盟结盟，从而化解了僵局。
接著，槟城州首席部长敦林苍佑为了取得中央政府给予槟城在经济等资源，向中央政府靠拢及寻求合作，民政党内部分裂，同为民政党发起人的陈志勤与党主席赛胡申阿拉达斯选择退党，而民政党在槟城州议会剩下12席，并在1972年2月与联盟结盟。
敦拉萨通过拉拢当时主要的反对党结盟，最终成功在槟城、霹雳、雪兰莪、吉兰丹和砂拉越共组联合政府，缓和紧张的局势。
