英国人在战后宁可与巫统合作，也不与左翼分子合作，并在1948年推出“马来亚联合邦协定”（这是英国与拿督翁协商而成的法定文件，掀开了马来亚走向自治的第一步，但新加坡则保留为英国殖民地）。
也是在1948年，英国宣布在马新实施紧急状态，并宣布马共为非法组织。这意味著英国与共党完全切割，尽管英国表面上在1950年承认毛泽东建立的中华人民共和国，但加入美国的反华集团，也在马新对左翼分子大举逮捕和遣送回中国。
在这一年，马来国民党被查封，独剩巫统一枝独秀。与此同时，种族性的政党抬头了，如印度国大党（1945年）及马华公会（1949年）等。
早期政局不玩宗教牌
正当拿督翁不满于巫统内部的保守派反对将巫统门户打开后（其中一名最激烈的反对者是新加坡巫青团长沙顿，后来成为交通部长，晚年则担任槟州元首），他便在1951年离开巫统，另立“马来亚独立党”。与此同时，巫统内部的宗教派人士也脱离巫统，在1951年成立“泛马伊斯兰党”。由于种族和宗教成为政党的斗争口号，为后来的政局变化增添许多变数。
第一个特点是拿督翁将其政党易名为“国家党”（1954年），痛斥马华出卖他转而与巫统合作。因此较为明显地打出种族主义牌子，自然斗不过由巫统、马华和国大党组成的“联盟”（1954年）。在联盟大捷下（1955年普选），拿督翁的国家党全军覆没。到了1959年大选时，他索性改换码头，到登嘉楼参选国席而胜出。其胜利背后有伊党助一臂之力，不然又是铩羽而归。
这一年大选，伊党在布哈鲁丁的领导下不打种族牌，也不打宗教牌，暗地里与左翼政党（劳工党和人民党组成的社阵）合作，自然不能将拿督翁拒于门外。结果标榜左倾的伊党在大选中脱颖而出，控制丹登两州，也拥有13名国会议员，成为最大的反对党。
伊党在布哈鲁丁领导下，继续与印尼苏卡诺保持友好关系，也支持苏卡诺的“纳沙贡”哲学（即民族主义、共产主义和伊斯兰主义的三结合）。1963年，马来西亚成立，面对印尼的对抗。当1964年马来西亚的大选反映出左翼政党的失败和伊党的失利后，苏卡诺就加紧支持马来西亚的左翼领袖在巴基斯坦建立流亡政府。当此密谋失败后，美国策划一场政变的发生，意图推翻苏卡诺政府。
即便苏卡诺的卫队先下手为强，在1965年9月将5位将领杀害，但漏网大鱼竟是国防部长纳苏顿。他在逃出包围后，指示装甲车司令苏哈多发起反政变。结果苏哈多控制局面。苏卡诺大势已去。一场著名的政变反政变在血流成河的惨景下结束。印共被杀害数十万人，也有数十万华人被遣返中国，苏卡诺的政府中人全数落网，一场血腥的镇压不但改变了马印关系，也改变了中印的关系；更改变了伊斯兰国家与世俗国家的关系。
在美国的主导下，伊斯兰国家被告知伊斯兰与社会主义；尤其是共产主义是势不两立的，因为马克思说“宗教是鸦片”。在美国的唆使下，印尼反转成为右翼的军人国家，也在1967年切断与中国邦交。继之印尼全面禁止华校和所有华文书刊的出版和发行乃至进口，只剩一份《印度尼西亚日报》。
马印对抗也在1966年结束，但伊斯兰国家开始与共产国家隔离。埃及不再视苏联的军援为理所当然；伊斯兰国家与中国的关系也转淡。美国成功地将伊斯兰与社会主义切割开来。
安华注入伊斯兰元素
经过这么一段突如其来的变化，马来西亚的伊斯兰运动也没太大改变，反倒是种族课题被夸大和成为政党争取选票的手段。1969年的“513”种族冲突悲剧赤裸裸地宣告种族主义是挥之不去的幽灵。
宗教的抬头则是延至70年代后期的事。虽然安华在1973年领导穆斯林青年运动（ABIM），吸收很多伊斯兰青年加入，形成强大的阵线，但安华这位原本有社会主义倾向的愤青，仍找不出突破口一展身手。但他的不畏逮捕（1974年—1976年在内安令下被扣留）和对伊斯兰的熟络，让他很快成为穆斯林的偶像。
当柯梅尼于1979年在伊朗宗教革命成功推翻巴列维王朝后，激发了万千的穆斯林斗争豪情。虽我国属逊尼派，不属伊朗的什叶派，但柯梅尼的宗教革命成为新时代的标志。
安华在辗转下，终于在1981年找到进入巫统的大门，得以将其伊斯兰知识和形象纳入国阵（巫统）。这也是马哈迪所缺乏的。在安华的辅佐下，马哈迪从80年代中期开始为政府行政注入伊斯兰元素，马来西亚的伊斯兰化运动开始了。
不过在另一边的伊党，在没有安华的领导下一直站不起来（1977年被开除出国阵后，伊党在1978年、1982年及1986年的大选连连失利，几乎面对沉沦之灾）。
1990年东姑拉沙里组新党，才将奄奄一息的伊党救了回来，重夺回吉兰丹州政权。直到1998年安华跌马后，伊党才有在1999年的大选异军突起，连夺两个州政权，且拥有27名国会议员。
此时，伊党的领导人认为该党的重生和抬头是因为它走宗教路线走对了。法兹诺、聂阿兹及哈迪阿旺都这么认为。结果导致伊党改变方向，决心不理安华的劝喻，自行走上种族加宗教的政治路线。但事实也非伊党所“判断”的，当它在2004年大选失利后，才又“醒悟”离开安华是错误的。直到2015年伊党摆正其宗教姿态，切断与行动党、公正党和土团党的合作，自行在2018年大选上路。
可是伊党也不是大赢家，它终于又选择失败的巫统进行结合。这一回是种族加宗教之争，马哈迪出席马来人尊严大会，正说明了他也不反对大会通过诸多以伊斯兰为基础的决议案。整体而言，不论是反对党的巫统和伊党或是执政的土团党、公正党和诚信党，它们都逃不过这时代的宗教谱曲正在响起。
