目前健康码已在中国数百个城市应用，涵盖地铁、社区、办公室、医疗保险支付、商场超市、机场车站等多个生活场域，并持续扩大应用范围。不过，此系统却存在争议。
中国《法制日报》报导，健康码作为一种新型的数码化防疫措施，本应在复工、出行场景给人们创造便利，但在实际应用中并不顺利。
由于各地健康码自成系统，如北京叫健康宝、上海叫随申码，造成了一些健康码只在本地有效，一旦跨地区就不灵，有些地方要求外省绿码人员，仍须实施14天居家或集中隔离，给已经可以正常出行、复工的人员带来很大的困扰。
最新个案就是3月27日，湖北省民众经九江大桥要进入江西省，却因管制差异先引爆两省省界警察冲突，继而湖北省民众过桥包围江西警方；背后主因即是，湖北与江西的健康码能否互相承认。
因此关于健康码互通互认和建立全国统一健康码的呼声也越来越高，而围绕健康码能否互通的问题是各地的风险程度、资料的共用、防疫措施等内容。
目前，长三角的江苏、浙江、上海、安徽实现了互通，山东省表示要加快开展“电子健康通行码”省际互认，首批互认省份为北京、天津、河北、黑龙江、上海、浙江、安徽、河南、广东、重庆、四川、贵州、青海、新疆等14个省（区、市），为目前全国最大规模互认。
另外，健康码也会出现误判的案例，而它的运算机制至今并没详细公开过，各地依据的评判维度是否一致也无从得知。
有媒体报导，3月29日，一名持有湖北健康码且显示绿码的民众返回甘肃后，理论上应属健康状态，却在当日确诊染疫。
据支付宝健康码团队指出，健康码是一个开放的系统，演算法及规则由各级政府来制定。
而杭州市委副书记张仲灿在接受央视《新闻1+1》 采访时，暂时给出了一个官方解释，他提及演算法涉及的三个维度：一是空间维度，根据疫情风险程度，杭州市的大数据公司按照有关数据已经可以精确到乡镇（街道）；第二个是时间维度，即去过疫区的次数以及时间的长短；第三个则是人际关系维度，即与密切接人员接触状态。这些维度量化赋分，最终生成相应的三色码。
